Sejarah penemuan sel diawali pada 1665. Saat itu, Robert Hooke –seorang ahli biologi kebangsaan Belanda mengamati sebuah sayatan gabus batang tanaman Quercus suber menggunakan mikroskop rancangannya. Dari pengamatan itu, ia kemudian menemukan adanya banyak ruang kosong dengan dinding tebal sebagai pembatasnya. Ruang-ruang kosong yang ditemukan Hooke ini, olehnya kemudian dinamai dengan istilah cellulae atau sel. Sel yang ditemukan Robert Hooke sebetulnya adalah sel-sel gabus mati. Kendati begitu, hasil kerja Hooke inilah yang kemudian membuka sejarah penemuan sel sehingga menjadi pioner dalam perkembangan teori dan teknologi sel di masa kini.
Hasil kerja Hooke telah menarik minat Antonie van Leeuwenhoek (1632–1723) untuk mempelajari lebih dalam tentang rahasia kehidupan terkecil di muka bumi. Ia merancang mikroskop kecil berlensa tunggal untuk memuluskan niatannya. Mikroskop tersebut ia gunakan untuk mengamati air rendaman jerami. Dari pengamatan yang dilakukannya, Antonie menemukan adanya organisme yang bergerak-gerak dalam air yang diamatinya itu. Organisme tersebut kemudian dinamai dengan istilah bakteri. Karena pengamatan tersebut Antonie van Leeuwenhoek dianggap sebagai orang pertama yang menemukan sel hidup dalam sejarah penemuan sel.
Dari penelitian yang dilakukan Robert Hooke dan Antonie van Leeuwenhoek, sejarah penemuan sel dilanjut dengan perkembangan teori dan penemuan-penemuan baru. Beberapa ahli yang mendalami teori sel tersebut misalnya Schleiden (1804–1881), Theodor Schwan (1810–1882), Max Schultze (1825–1874), Rudolph Virchow (1821–1902), Robert Brown (1812), Felix Durjadin (1835), dan Johanes Purkinye (1787–1869)
Pada tahun 1829, Jacob Schleiden melakukan penelitian dan pengamatan terhadap mikroskopis sel tumbuhan, sementara secara hampir bersamaan Theodor Schwan juga melakukan pengamatan serupa dengan objek yang diamati berupa sel hewan. Dari pengamatan tersebut, keduanya menari teori bahwa “sel merupakan kesatuan atau unit struktural mahluk hidup”. Secara lebih jelas, teori tersebut dijabarkan sebagai berikut:
Penelitian mendalam tentang sel dilanjutkan oleh Max Schultze di tahun 1845. Penelitian yang membuka babak baru dalam sejarah penemuan sel tersebut menghasilkan teori bahwa dalam sel terdapat bagian bernama protoplasma. Protoplasma adalah dasar fisik kehidupan yang bukan hanya bagian struktural sel, melainkan juga sebagai tempat berlangsung reaksi-reaksi biokimia kehidupan. Berdasar hasil penelitian inilah Schultze mengemukakan teori bahwa sel adalah kesatuan fungsional kehidupan.
Pada tahun-tahun berikutnya, Rudolph Virchow juga melakukan penelitian mendalam terhadap ilmu sel. Dari penelitian tersebut ia mengemukakan teori omnis cellula ex cellulae yang artinya semua sel berasal dari sel sebelumnya. Dari teori tersebut, sejarah penemuan sel mengungkap kenyataan baru bahwa sel adalah unit pertumbuhan makhluk hidup.
Kemajuan IPTEK telah mendorong penemuan unit-unit hereditas yang ada dalam inti cell atau nukleus. Unit hereditas dalam sel yang disebut kromosom itu adalah unit pembawa sifat bagi perkembangbiakan sel. Melalui penelitian beberapa orang berikut ini teori sel adalah unit hereditas mahluk hidup menjadi kian berkembang.