Pengambilalihan kekuasaan Jepang di Yogyakarta terjadi pada 26 September 1945 yang diawali oleh pemogokan semua pegawai pemerintah dan perusahaan-perusahaan yang dikuasai oleh Jepang dan memaksa Jepang untuk menyerahkan semua kantor dan perusahaan tersebut kepada pemerintah RI.
Pada tanggal 27 September 1945, KNI Daerah Yogyakarta mengumumkan bahwa kekuasaan di daerah itu telah berada di tangan Pemerintahan RI. Kepala Daerah Yogyakarta yang dijabat oleh Jepang Cokan harus meninggalkan kantornya di jalan Malioboro.
Hingga akhirnya pada tanggal 5 Oktober 1945, gedung Cokan Kantai berhasil direbut dan kemudian dijadikan sebagai kantor Komite Nasional Indonesia Daerah. Gedung Cokan Kantai kemudian dikenal sebagai Gedung Nasional atau Gedung Agung.
Baca juga: Kedatangan Sekutu dan Belanda Pada Awal Kemerdekaan
Suatu hari setelah perebutan gedung Cokan Kantai, para pejuang Yogyakarta ingin melakukan perebutan senjata dan markas Osha Butai di Kotabaru. Rakyat dan para pemuda terus mengepung markas Osha Butai di Kotabaru.
Rakyat dan para pemuda terdiri dari berbagai kesatuan, antara lain TKR, Polisi Istimewa, dan BPU Barisan Penjagaan Umum sudah bertekad untuk menyerbu markas Jepang di Kotabaru.
Karena saat perundingan antara jepang dan pejuang yogjakarta tidak berhasil mufakat dan tentara jepang tidak mau menyerahkan senjatanya pada pejuang yogyakarya, maka terjadilah pertempuran antara rakyat, pemuda, dan kesatuan dengan tentara Jepang di Yogyakarta sekitar pukul 03.00 WIB tanggal 7 Oktober 1945.
Tokoh-tokoh yang terlibat dalam pengambilalihan kekuasaan Jepang di Yogyakarta saat itu adalah soendjojo, moeridan noto, oemar slamet, oemar joy, selo ali, RP Sudarsono.
Butaico Pingit segera menghubungi TKR dan menyatakan menyerah, dengan jaminan anak buahnya tidak disiksa. Hal ini diterima baik oleh TKR. Kemudian, TKR meminta agar Butaico Pingit dapat mempengaruhi Butaico Kotabaru untuk menyerah. Ternyata Butaico menolak untuk menyerah.
Baca juga: Kronologi Singkat Pertempuran Lima Hari Rakyat Semarang Melawan Jepang
Akibatnya serangan para pejuang Indonesia semakin ditingkatkan. Akhirnya pada tanggal 7 Oktober 1945 sekitar pukul 10.00, markas Jepang di Kotabaru secara resmi diserahkan ke tangan Yogyakarta.
Dalam pertempuran itu, pihak Indonesia yang gugur sejumlah 21 orang dan 32 orang luka- luka. Sedangkan dari pihak Jepang, 9 orang tewas dan 15 orang luka-luka.
Setelah markas Kotabaru jatuh, usaha perebutan kekuasaan meluas. R.P. Sudarsono kemudian memimpin perlucutan senjata Kaigun di Maguwo. Dengan berakhirnya pertempuran Kotabaru dan dikuasainya Maguwo, maka Yogyakarta berada di bawah kekuasaan RI.