Menceritakan tentang seorang anak muda yang pergi menuntut ilmu dan memperdalam ilmu Islam ke Mekah, sepulang dari Mekah itu ia merubah namanya menjadi Ahmad Dahlan.
Ahmad Dahlan mulai mengajarkan pengetahuan keislamannya yang ia dapatkan di Mekah kepada masyarakat di kampungnya, yang menurut ia sudah mulai melenceng dari kaidah Islam. Ia membuktikan bahwa arah kiblat yang selama ini dijadikan arah sholat di Masjid Besar adalah salah, bukan menghadap ke Ka’Bah tapi malah menghadap ke Afrika, para ulama yang sudah terbiasa dengan arah kiblat itu merasa keberatan dengan pernyataan Ahmad Dahlan dan malah menganggap dia kafir. Seluruh kampung pun menganggap Ahmad Dahlan kafir, tapi ia tetap teguh terhadap pendiriaannya dengan arah kiblat yang menghadap ke Ka’Bah, meskipun ia akan dimusuhi satu kampung.
Ahmad Dahlan juga memberitahukan kepada masyarakat bahwa dalam berdoa janganlah menggunakan sesajen karena menurut Islam itu adalah musrik, namun lagi-lagi ia tidak dipercayai oleh masyarakat dan bahkan dianggap mengajarkan aliran sesat, masyarakat menjadi marah kepada Dahlan lalu kemudian mereka membakar Langgar, tempat Dahlan mengajar mengaji. Dahlan sempat ingin pergi karena sudah tidak ada lagi yang mempercayainya, tetapi orang tua dan para pengikutnya tetap setia dengan Dahlan dan meyakinkan Dahlan untuk tetap bertahan di tempat itu untuk menegakkan Islam yang benar.
Ahmad Dahlan yang peduli akan pendidikan di lingkungan masyarakat, ia mendirikan sebuah sekolah yang mengajarkan banyak hal pada masyarakat kurang mampu, ia juga mengajar di sebuah sekolah bangsawan Boedi Oetomo, karena hal ini Dahlan dianggap semakin kafir oleh para ulama karena ia dituduh telah bersekutu dengan orang Barat yang kafir. Meskipun banyak yang menuduhnya kafir, namun Dahlan tetap teguh pada pendirian tentang Islamnya. Ia kemudian mendirikan organisasi Muhammadiyah yang mengajarkan masyarakat Islam untuk berfikiran maju dan terbuka sesuai dengan zaman, yang sampai kini oraganisasi ini pun masih ada dan berkembang.
Amanat dari Film Sang Pencerah :
Mengajarkan kita untuk tetap berpegang teguh kepada kebenaran, dengan cara berfikiran logis, kreatif, maju dan tebuka. Sikap tabah dalam menjalani hidup dan pantang menyerah Ahmad Dahlan unutuk menegakkan kebenaran meskipun banyak rintangannya wajib kita tiru. Ahmad Dahlan juga mengajarkan kita unutuk bersikap saling menghargai, menyayangi, mengasihi dan toleransi kepada orang lain. Saling berbagi ilmu tanpa pamrih. Ahmad Dahlan menjadi sosok baik yang bisa ditiru oleh kita semua.