Perbanyakan tanaman buah naga bisa dilakukan secara generatif atau menggunakan biji buah. Pengambilan biji buah harus dilakukan dari buah terpilih dan dengan cara yang benar. Pengambilannya dapat dilakukan dengan kasa berlubang lembut dan berasal dari bahan plastik atau kawat nyamuk. Anda juga bisa menggunakan saringan teh untuk memudahkan proses. Menanam biji buah naga dilakukan setelah biji mendapatkan perlakuan.
Belah buah naga menjadi dua bagian terpisah, lalu ambil daging dan biji dengan sendok. Penyaring teh bisa menampung biji hingga satu sendok. Tekan daging dan biji secara perlahan di atas penyaring hingga hanya tersisa bijinya. Biji yang sudah didapatkan langsung dicuci dengan air mengalir, lalu dikeringkan. Setelah kering, biji tersebut ditaburi ridomil sambil dilumat dengan tangan.
Biji tersebut bisa disimpan di tempat kering atau bisa langsung disemai jika lahan persemaian sudah disiapkan.
Keistimewaan menanam dari biji buah naga adalah bibit yang didapatkan lebih banyak dengan pertumbuhan yang cenderung seragam dan kekar. Namun, kelemahannya adalah waktu yang dibutuhkan lama untuk mendapatkan bibit yang siap tanam. Oleh karena itu, meskipun bibit yang didapatkan lebih banyak dengan tingkat keseragaman tinggi, cara ini jarang dilakukan oleh para petani.
Biji yang digunakan harus memenuhi syarat dan diperoleh dari buah yang benar-benar sehat, matang di pohon, dan tua.
Menanam biji buah naga diawali dengan menyemai biji di media tanam berupa pasir steril, humus halus, dan pupuk guano atau kotoran burung yang sudah dihaluskan dengan perbandingan 6:1:1. Campuran media tanam tersebut harus dibasahi terlebih dahulu dan dibuatkan larikan.
Masukkan media yang sudah siap ke kotak persemaian dengan tinggi 3—5 cm, sedangkan lebar dan panjangnya bisa disesuaikan dengan keinginan.
Siapkan benih yang akan ditanam, kukus benih selama setengah menit. Sebelum dikukus, masukkan benih ke kantong kain halus. Benih yang sudah dikukus sudah bisa ditebar ke dalam larikan media. Penebaran benih harus secara tipis dan ditutup dengan humus halus tipis.
Selanjutnya, semprotkan media dengan ridomil dan letakkan di tempat yang terkena cahaya dan bersirkulasi udara lancar. Persemaian dilakukan di ruang teduh hingga biji tumbuh sekitar 3 cm. Kelembapan media harus selalu dijaga untuk menunjang pertumbuhan benih.