Sama seperti proses pencernaan lemak dan karbohidrat , protein juga hanya dapat diserap tubuh manusia jika sudah diurai dalam bentuk yang sederhana. Penguraian protein dalam sistem pencernaan manusia melibatkan seluruh organ pencernaan dan kerja dari enzim-enzim protease melalui serangkaian proses. Rangkaian dari proses pencernaan protein dalam tubuh manusia tersebut dimulai dari rongga mulut.
1. Rongga Mulut dan Kerongkongan
Di rongga mulut, proses pencernaan protein melibatkan kerja gigi dan ludah. Gigi dalam hal ini berfungsi untuk memperkecil ukuran makanan sedangkan ludah berguna dalam mempermudah lewatnya makanan yang dikunyah untuk melewati kerongkongan. Baik di rongga mulut, maupun dalam kerongkongan, protein secara khusus belum mengalami proses pencernaan yang sebenarnya.
2. Lambung
Di lambung, protein yang tertampung akan bereaksi dengan enzim pepsin yang berasal dari getah lambung. Enzim pepsin sendiri hanya akan terbentuk jika asam lambung (HCl) menemukan protein dan melakukan penguraian rangkaiannya. Penguraian rangkaian protein dalam lambung secara biokimia akan menstimulasi pepsin pasif menjadi pepsin aktif.
Enzim pepsin memecah ikatan protein menjadi gugus yang lebih sederhana, yaitu pepton dan proteosa. Kedua gugus ini merupakan polipeptida pendek yang masih belum dapat diabsorpsi oleh jonjot usus.
3. Usus Halus
Polipeptida pendek yang dihasilkan dari reaksi enzim pepsin dan protein kemudian akan bercampur dengan enzim protease (erepsin) di dalam usus halus. Protease berasal dari pankreas yang disalurkan ke usus halus melalui dinding membran. Protease mengandung beberapa prekursor yang antara lain prokarboksipeptidase, kimotripsinogen, tripsinogen, proelastase, dan collagenase. Masing-masing prekursor protease ini akan menghidrolisis polipeptida menjadi jenis asam amino yang berbeda-beda.
Setelah protein berhasil diurai menjadi asam amino, selanjutnya jonjot usus yang terdapat pada dinding usus penyerapan (ileum) akan menyerap asam amino yang dihasilkan dari proses pencernaan protein untuk dikirimkan melalui aliran darah ke seluruh sel-sel di tubuh kita.
4. Usus Besar dan Anus
Jika asam amino yang dihasilkan dari proses pencernaan protein memiliki jumlah yang berlebih, asam amino tersebut kemudian akan dirombak menjadi senyawa-senyawa seperti amoniak (NH3) dan amonium (NH4OH). Pada tahap selanjutnya, semua senyawa ini kemudian dibuang melalui saluran kencing atau bersama dengan feses.