Sel prokariotik adalah sel pada kingdom monera yang tidak memiliki membran inti, mitokondria, dan membran organel apapun. Materi genetik yang biasanya ada dalam membran inti tidak terbungkus. Ketiadaan membran inti itulah yang menjadi perbedaan sel prokariotik dan eukariotik. Sel prokariotik terdapat pada kingdom monera (bakteri) yang merupakan makhluk uniseluler (bersel satu). Berikut adalah bagian-bagian sel prokariotik beserta fungsinya:
1. Pili
Pili atau pilus adalah struktur berbentuk seperti rambut halus yang menonjol dari dinding sel. Pili tersusun dari protein dan banyak terdapat dalam bakteri gram negatif. Pili mirip dengan flagellum (flagella) tetapi lebih pendek, kaku, diameter lebih kecil, dan jumlahnya jauh lebih banyak. Fungsi pili adalah sebagai tempat masuknya materi genetik selama perkawinan dan membantu melekatkan diri pada jaringan hewan atau tumbuhan. Pili bukan sebagai alat gerak. Terdapat pula fimbria yang serupa pili tetapi lebih pendek.
2. Plasmid
Plasmid adalah DNA ekstrakromosomal yang berukuran lebih kecil dari kromosom dan berbentuk sirkuler. DNA pada plasmid mampu direplikasi sendiri. Jumlah dan ukuran plasmid pada sel bervariasi bergantung pada jenis plasmid yang dimiliki. Fungsi plasmid adalah membawa sifat non-esensial dari DNA yang memberi kentungan pada sel prokariotik seperti resistensi antibiotik, virulensi (kemampuan menyebabkan penyakit), dan konjugasi (berbagi plasmid dengan sel prokariotik lain). Non-esensial berarti tidak berperan secara langsung dalam metabolisme dan segala aktivitas biologis yang mendukung bakteri. Plasmid juga terdapat di beberapa mikroba eukariotik seperti ragi.
3. Ribosom
Ribosom adalah mesin nano sintesis protein. Sel prokariotik memiliki banyak ribosom. Fungsi ribosom adalah melakukan translasi dalam sintesis protein yang mengubah kode genetik DNA menjadi protein. Terdapat beberapa perbedaan antara ribosom prokariotik dengan ribosom eukariotik. Ukuran ribosom prokariotik lebih kecil dan rRNA yang lebih sedikit.
4. Sitoplasma
Sitoplasma adalah cairan sel di dalam membran sel yang tersusun atas air, protein, lipid, mineral, dan enzim. Organel juga berada di dalam sitoplasma. Fungsi sitoplasma adalah sebagai tempat berlangsungnya reaksi metabolisme dan menyimpan cadangan makanan dalam bentuk granula tidak larut air (granula penyimpanan).
5. Membran Plasma
Membran plasma adalah membran biologis semi permeabel tipis yang terdiri dari dua lapis fosfolipid dan tertanam dengan protein. Fungsi membran plasma adalah sebagai pelindung sel terhadap lingkungan ekstraseluler dan mengatur lalu lintas zat-zat keluar masuk sel.
6. Dinding Sel
Dinding sel adalah struktur pelapis bagian luar sel yang lebih keras dan kaku yang berada di antara kapsul (kapsula) dan membran plasma. Terdapat pori-pori untuk jalan masuk keluar molekul. Fungsi dinding sel adalah untuk memberi bentuk dan melindungi organel internal sel.
7. Kapsula
Kapsul atau kapsula adalah lapisan terluar dari bakteri dengan ketebalan bervariasi di tiap jenis bakteri. Lapisan tebal disebut kapsul yang tersusun dari glikoprotein dan biasanya terdapat pada bakteri pembawa penyakit (bersifat patogen). Sedangkan lapisan tipis disebut lapisan lendir yang tersusun dari air dan polisakarida dan biasanya terdapat pada bakteri bersifat saproba (mendapatkan makanan dari sisa organisme lain). Fungsi kapsula adalah sebagai pelindung sel, mencegah sel kekeringan, membantu melekatkan diri dengan bakteri lain atau pada organisme lain, dan melindungi bakteri patogen dari pengaruh antibodi sel inang.
8. Flagela
Flagela adalah struktur seperti cambuk yang memungkinkan sel untuk bergerak. Pada prokariotik, struktur flagella sangat sederhana dibandingkan pada sel eukariotik karena hanya terdiri dari serat tunggal protein flagellin. Fungsi flagela adalah sebagai alat gerak sel. Gerakan flagela prokariotik seperti memutar-mutar.
9. Nukleoid
Nukleoid adalah wilayah sel yang tipis, transparan, dan berisi DNA primer. Nukleoid merupakan pusat utama transkripsi dan replikasi DNA. Bentuknya tidak beraturan dengan ukuran nukleoid bervariasi bergantung pada jenis sel. Untaian DNA pada nukleoid berbentuk lingkaran atau oval. Fungsi nukleoid serupa dengan inti sel (nukleus) pada eukariotik, hanya saja tanpa membran inti sehingga mengalami kontak langsung dengan sitoplasma.