Toleransi adalah suatu sikap dari seseorang untuk memberikan kebebasan kepada orang lain untuk berpendapat dan memberikan kebebasan kepada orang lain untuk menjalankan keyakinannya masing-masing. Toleransi yang dimaksud dalam penelitian ini adalah lebih menekankan pada toleransi dalam aspek beragama yang mengandung sikap toleransi antar umat beragama dalam menerima, menghargai, menghormati perbedaan-perbedaan dari aspek memeluk keyakinan antar umat beragama.

Siswa di SD Negeri Sukabumi 2 Kota Probolinggo berasal dari latar belakang agama yang berbeda, tetapi dalam bergaul tetap menjunjung tinggi sikap toleransi beragama. Hal ini dapat dilihat dari beberapa prinsip toleransi yang dilaksanakan. Penanaman sikap toleransi beragama yang dilakukan oleh kepala sekolah dan guru di SD Negeri Sukabumi 2 Kota Probolinggo dilakukan di dalam kelas dan di luar kelas dengan:  

1) Memberi kesempatan kepada semua siswa untuk mengikuti pembelajaran agama sesuai pemahaman agamanya masing-masing

2) Menciptakan iklim toleran pada setiap pembelajaran (belajar dalam perbedaan, membangun rasa saling percaya, memelihara sikap saling pengertian, menjunjung tinggi sikap saling mengasihi. Melalui kegiatan doa sebelum dan sesudah pembelajaran, memberi nasihat, integrasi dalam pembelajaran agama (salah satunya, proyek poster toleransi oleh siswa kelas 6), kegiatan keteladanan, kegiatan pembiasaan, kegiatan rutinitas meliputi: upacara bendera, BK (bersih kelas), doa bersama sebelum Ujian Nasional, kegiatan spontanitas dan kegiatan pengkondisian.